Nord-Norge hørte inntil 1804 i geistlig henseende til Trondhjems stift (frem til 1537 kalt Nidaros erkebispedømme). 30. desember 1803 ble Peter Olivarius Bugge utnevnt til biskop over «Trondhjems og Romsdals Amter». Samtidig ble prost Mathias Bonsak Krogh utnevnt til biskop over «Nordlandene og Finmarken». Denne ordningen trådte i kraft 6. januar 1804. Biskop Krog valgte Alstahaug som bispesete.
200-års jubileet for opprettelsen av Hålogaland bispedømme ble feiret i 2004. Men først ved kongelig resolusjon av 14. juni 1844 ble Nord-Norge formelt organisert som eget stift med navnet Tromsø stift. Amtsdireksjonene for «Nordlands og Finmarkens Amter» ble da opphevet. Tromsø by ble valgt til stiftsstad, altså sete for stiftsdireksjonen og bosted for stiftamtmann og biskop.
Inndelingsnavnet Tromsø stift ble først endret til Hålogaland bispedømme ved lov av 14. august 1918. Dette var så navnet frem til 1952, med unntak av en periode under krigen da bispedømmet var delt i to: Hålogaland og Trondenes bispedømmer (1943-1945).
I 1952 ble Hålogaland bispedømme delt i to: Sør-Hålogaland (som dekket Nordland fylke) med bispestol i Bodø og Nord-Hålogaland (Troms og Finnmark) med bispestol i Tromsø.
Hålogaland bispedømme eksisterte som eget bispedømme fra 1804-1952
rediger Kronologisk oversikt over biskoper i perioden 1804-1952
- Mathias Bonsak Krogh 1804−1828
- Peder Christian Hersleb Kjerschow 1830−1848
- Daniel Bremer Juell 1849−1855
- Knud Gislesen 1855−1860
- Carl Peter Parelius Essendrop 1861−1867
- Fredrik Waldemar Hvoslef 1868−1876
- Jakob Sverdrup Smitt 1876−1885
- Johannes Nilssøn Skaar 1885−1892
- Peter Wilhelm Kreydahl Bøckmann 1893−1909
- Gustav Dietrichson 1910−1918
- Johan Støren 1918−1928
- Eivind Berggrav 1928−1937
- Sigurd Johan Normann 1937−1939
- Wollert Krohn-Hansen 1940−1952